Kekhanan Bukhara/Bukhoro (Bahasa Parsi: خانات بخارا‎; Bahasa Uzbek: Buxoro Xonligi) ialah sebuah wilayah Uzbek[5] yang wujud dari suku kedua abad ke-16 hingga akhir abad ke-18 di Asia Tengah atau Turkestan, yang diasaskan oleh Dinasti Shaybanid. Dari 1533 hingga 1540, Bukhara menjadi ibu kotanya secara sementara di bawah pemerintahan Ubaydallah Khan. Kekhanan ini mencapai tahap dan pengaruh kemuncak di bawah penguasa Shaybanid kedua terakhir, Abdullah Khan II (di takhta 1557–1598).Pada abad ke-17 dan ke-18, kekhanan diperintah oleh Dinasti Janid (Astrakhanid atau Timurid Toqay). Mereka merupakan keturunan Genghis Khan yang terakhir yang memerintah Bukhara. Pada 1740, wilayah ini ditakluki oleh Nader Shah, Shah dari Iran. Setelah kemangkatannya pada 1747, kekhanan ini ditadbir oleh keturunan bukan Genghis, iaitu amir Uzbekistan Khudayar Bi, melalui posisi perdana menteri ataliq. Pada 1785, keturunannya, Shahmurad, memformalkan pemerintahan dinasti keluarga (Manghit), dan kekhanan menjadi menjadi Amiriah Bukhara.[6] Orang Manghit bukan berketurunan Genghis dan mengambil gelaran Islam (Amir) dan bukannya Khan kerana keabsahan mereka tidak berdasarkan keturunan Genghis Khan.